腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定

以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术（HTS）与变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术相结合的方法对其中所 含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门 为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、 Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸 菌 有 Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp. plantarum 和 Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L. plantarum 7株,L. alimentarius 2株,L. curvatus和L. brevis各1株以及L. sakei 4株。 由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。     

基于MiSeq高通测序技术的米酒真菌多样性分析

为探究米酒中真菌多样性,本研究采用MiSeq高通测序技术与多元统计学手段相结合的方法对采集自恩施地区的10个农家自酿米酒样品中真菌微生物进行了研究,结果表明该地米酒样品中的真菌门主要为子囊菌门(Ascomycota)、毛霉亚门(Mucoromycotina)、担子菌门(Basidiomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)和芽枝霉门(Blastocladiomycota),核心优势真菌属及其平均相对含量分别为复膜孢酵母属(Saccharomycopsis,62.44%)、根霉属(Rhizopus,20.28%)和淀粉菌(Amylomyces,4.42%);在对97%的相似度下划分的10627个操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU)进行研究时发现OTU2793、OTU8553、OTU2342、OTU4367、OTU9019、OTU4274和OTU5981的累积平均相对含量高达80.64%且在各样品中均有分布,各样品中除含有大量的共有真菌菌群外亦含有独特的真菌类群;同时,在对样品差异进行分析时发现,采集的10个米酒样品大致可以分为两个聚类,且聚类Ⅰ样品真菌群落结构组内差异要显著高于聚类Ⅱ(p<0.05),而优势真菌属Saccharomycopsis、Rhizopus、Amylomyces和Poitrasia是造成米酒样品两个聚类微生物群落结构差异显著的关键真菌类群。     

基于MiSeq高通量测序技术宣恩地区米酒微生物多样性解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州宣恩县的3个米酒样品微生物多样性进行了解析,结果发现米酒中的细菌主要为隶属于Firmicutes(硬壁菌门)的Pediococcus(片球菌属,74.10%)、Bacillus(芽孢杆菌属,6.32%)和Lactobacillus(乳杆菌属,3.03%)以及隶属于Proteobacteria(变形菌门)的Pseudomonas(假单胞菌属,3.58%)、Acinetobacter(不动杆菌属,1.22%)和Enterobacter(肠杆菌属,1.08%),真菌主要为隶属于Ascomycota(子囊菌门)的Wickerhamomyces(异常威克汉姆酵母属,44.67%)、Saccharomycopsis(扣囊复膜酵母,23.10%)和Trichomonascus(1.20%)以及隶属于Mucoromycotina(毛霉亚门)的Amylomyces(淀粉菌,27.06%)。细菌和真菌的核心OTU包含序列条数占总序列数的89.88%和98.80%。由此可见,宣恩地区米酒存在大量的核心细菌和真菌类群。     

恩施市泡萝卜中乳酸菌的分离鉴定及其对品质的影响

对5份恩施地区泡萝卜中的乳酸菌进行了分离鉴定,同时对其分离株在以萝卜为原料的泡菜中的发酵特性进行了评价。结果表明:分离出18株乳酸菌菌株,分别为隶属于片球菌属(Pediococcus)的戊糖片球菌(P.pentosaceus)和隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)的食品乳杆菌(L.alimentarius)、短乳杆菌(L.brevis)、副干酪乳杆菌(L.paracasei)、发酵乳杆菌(L.fermentum)和植物乳杆菌(L.plantarum),其中8株分离株为L.plantarum。通过质构分析发现,乳酸菌纯种发酵制备的多数泡萝卜样品硬度和脆性均明显高于自然发酵样品。通过电子鼻分析发现,W1C、W3C和W5C对多数乳酸菌纯种发酵泡萝卜水的响应值明显偏高。通过主成分分析发现,菌株L.paracasei HBUAS51063和L.plantarum HBUAS51053具有相对较佳的发酵特性。由此可见,恩施市泡萝卜中乳酸菌以L.plantarum为主,乳酸菌纯种发酵可提升多数泡萝卜的品质。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析梅干菜中细菌多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达60.70%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、四联球菌属（Tetragenococcus）和棒状杆菌属（Corynebacterium）,其平均相对含量分别为60.50%、8.69%、2.86%、1.73%、1.28%、1.07%、1.03%、1.00%。采用传统培养方法从梅干菜分离出5种共12株乳酸菌,经分子生物学鉴定分别为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）,副干酪乳杆菌副干酪亚种（Lactobacillus paracasei subsp. paracasei）、食品乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和融合魏斯氏菌（Weissella confusa）。恩施地区梅干菜中的细菌主要以乳酸菌为主,且乳酸杆菌多样性较高。     

恩施地区腊肠的细菌多样性

为解析恩施地区腊肠中细菌的多样性,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE）和MiSeq高通量测序技术相结合的方法对采集自该地区的5 个腊肠样品中的细菌进行测定。结果表明：恩施腊肠样品中含有大量的共有细菌类群,其优势细菌主要隶属于硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,二者的平均相对含量分别为57.01%和30.43%;优势细菌属中平均相对含量最高的为环丝菌属（Brochothrix）。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

恩施鲊广椒乳酸菌的分离鉴定及其对挥发性风味物质的影响

采用传统培养方法对采集自湖北恩施地区的15份鲊广椒样品中的乳酸菌进行分离,采用分子生物学技术对其进行鉴定。然后,采用优势乳酸菌制作鲊广椒,并利用电子鼻技术分析其挥发性风味物质。最后,通过主成分分析（PCA）筛选出适合鲊广椒发酵的乳酸菌菌种。结果表明,从鲊广椒样品中共分离鉴定出植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）10株、发酵乳杆菌（Lactobacillus fermentum）3株、副干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）1株和食品乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）1株,其中,L. plantarum占总分离菌株的66.67%,是湖北恩施鲊广椒中的优势乳酸菌。电子鼻分析结果表明,与对照相比,添加L. plantarum的鲊广椒芳香类物质明显增多,氮氧化物、氢化物、有机硫化合物和烷烃等物质含量显著降低。PCA结果表明,L. plantarum HUBAS51132和HUBAS51141制作的鲊广椒其芳香性更好。     

利川腌菜细菌菌群多样性及其与风味相关性研究

以利川腌菜为研究对象,使用Illumina MiSeq高通量测序技术对样品中的细菌菌群结构进行解析,并采用电子鼻技术对腌菜中的风味品质进行研究。结果表明。利川腌菜优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）和嗜冷杆菌属（Psychrobacter）,相对含量分别为17.1%、10.5%、9.5%、7.6%和6.4%。电子鼻测定结果表明,腌菜中W5S（氮氧化合物）、W1S（甲烷）、W1W（萜类化合物）和W2S（乙醇）的响应值较高,分别为44.83、79.90、52.04和43.25。通过Spearman相关性分析显示变形杆菌属（Proteus）与多种芳香成分呈显著负相关（P＜0.05）,嗜冷杆菌（Psychrobacter）与甲烷和氢气呈正相关,肠球菌属（Enterococcus）与乙醇等呈正相关,表明利川腌菜中风味物质的形成可能由多种微生物共同作用,而非单一微生物发酵产生。